Virologie

I - Virus : Introduction

Généralités

-définition :
Parasite intracellulaire obligatoire ne pouvant se multiplier qu'à l'intérieur d'une cellule hôte et utilisant sa machinerie cellulaire.
Il contient :
-Une information génétique sous forme d'ADN ou d'ARN
-Une structure de protection souvent protéique, compacte, pour protéger son Acide Nucléique : La Capside
On peut ainsi classer les virus en 2 catégories :
les virus possédant une capside à symétrie icosaédrique (ou encore hexagonale)
les virus possédant une capside à symetrie hélicoïdale (comme le virus de la mosaïque du tabac).
Le virus prend le pouvoir dans la cellule infectée: tous les systèmes de la cellule sont canalisés pour fabriquer du virus.

Elément caractéristique de protection : CAPSIDE et ENVELOPPE


La Capside

La Capside est une structure qui protège le génome du virus (génome qui est souvent de petite taille). Le virus utilise un nombre de gène minimale pour constituer cette capside formée de brique identiques,les protéines de capside.

Il existe 2 grand type de structure de capside:
les virus à structure hélicoïdale et les virus à structure icosaédrique (cubique).

a. Structure à symétrie hélicoïdale

On peut définir un virus à symétrie hélicoïdal par 5 paramètre:
-Le nombre de sous-unités protéiques par tour
-Le pas de l'hélice
-L'angle f (angle formé entre l'axe central de la capside et le barycentre de 2 sous-unités)
-le nombre d (distance entre 2 sous-unités)
-la longueur de l'hélice

Un bon exemple de virus possédant ce type de structure est le Virus de la Mosaïque du Tabac (TMV)
b. Structure à symétrie icosaédrique

Les capsides à symétrie icosaédrique sont formé de sous-unités formant un réseau hexagonal composé de 20 faces et de 12 sommets (structure en icosaèdre) et 3 axes de symétrie par rotation.
La capside protège le virion lorsque celui-ci se trouve à l'extérieur. Pour les virus nus (sans enveloppe), c'est elle qui porte les déterminants viraux qui se lient spécifiquement à des récepteurs cellulaires. c. Structure combinée d. Fonction de la capside

II - Les Antiviraux
Quelques définitions
Antiviraux: substances artificielles introduitent à l'intérieur de l'organisme pour lutter contre les virus.

Antivirucide: qui pourrait détruire les particules virales. Ceci n'existe pas pour des traitement in-vivo car les particules virales sont synthétisées par la cellule infectée elle-même.
Il existe néamoin des virucides pour usage externe (par exemple pour les désinfection des muqueuses génitales). Mais parfois ceci peuvent irriter la muqueuse et paradoxalement favoriser l'infection virale.

Virostatique: on parle d'activité virostatique lorsque qu'une substance est capable d'inhiber la multiplication virale (et non de libérer totalement l'organisme de la présence du virus).

Quelques définitions
-cancer: (Lat cancer, crabe)
Nom donné à toutes les tumeurs malignes qui s'étendent rapidement et ont tendance à se généraliser.

-Tumeur: (Lat tumere, enfler)
Nom générique donné à des productions pathologiques constituées par un tissu de nouvelle formation et distinctes de processus inflammatoires (tumeurs bénignes ou tumeurs malignes).

-Immortalisation:
Processus pathologique par lequel une cellule se divise de façon continue ou indéfinie.

-Transformation:
Processus pathologique par lequel une cellule acquière de nouvelles propriétés modifiant sa morphologie et sa croissance.

-Virus oncogène:
Virus introduisant la formation de tumeurs chez l'homme ou l'animal.

-Virus tranformant:
Virus induisant une transformation des cellules infectées in vitro.

-Processus tumoral: ( plus d'explication : voir http://membres.multimania.fr/neb5000/VirologieI/oncogenese/oncogenese1.htm )

merci bcp fella !!!

ambisens

le génome de certains virus est un ARN monocaténaire segmenté. Un ou plusieurs segments sont -ambisens : une portion du segment est ARN - et l'autre portion, soudée à la première, est ARN + .

Arenavirus et quelques Bunyavirus ont un tel génome.

-anti-oncogène

gène codant une protéine capable de s’opposer à l’action d’un gène oncogène.

-arbovirus

(arbovirus = arthropode borne virus)

virus transmis par piqûres d'arthropodes (insectes divers, surtout les moustiques, les tiques et les puces).

On connaît plus de 500 arbovirus dont 80 sont capables d'infecter l'homme.

-ARN polymérase

ce terme est utilisé lorsqu'une distinction ne peut être faite entre les enzymes de réplication (ARN réplicases ou réplicases) et les enzymes de transcription (ARN transcriptases ou transcriptases) : c'est le cas pour l'enzyme du virus poliomyélitique.

-ARN réplicase

ce terme est réservé à l'enzyme qui synthétise les brins génomiques (les génomes de la descendance), quelle que soit leur polarité.

abrégé : la réplicase

-ARN transcriptase

ce terme est réservé à l'enzyme associée au virion et qui synthétise l'ARN messager.

abrégé : la transcriptase

-assemblage

phase terminale du cycle de multiplication d’un virus au cours de laquelle tous les composants nécessaires à la formation de nouveaux virions se condensent en des sites particuliers de la cellule et s’assemblent, le plus souvent par un processus d’auto-assemblage.

-bactériophage

souvent appelé "phage"

virus qui se réplique dans une bactérie.

-bourgeonnement

phase de libération des virus enveloppés par extrusion (on dit aussi par "bourgeonnement) à travers une membrane cellulaire (cytoplasmique le plus souvent, nucléaire, ou réticulum endoplasmique).

brin codant, brin non codant

Une ambiguïté existe sur les termes de brin codant et brin non codant.

En effet, pour certains auteurs, le terme de brin codant désigne soit le brin transcrit, soit le brin non transcrit.

On a adopté la convention de désigner comme brin codant le brin non transcrit, c'est à dire le brin possédant la séquence de l'ARN messager codé (à une substitution de bases près (U/T).

-brin négatif

brin d’acide nucléique dont la séquence de base est complémentaire de celle du brin codant.

virus dont le génome est composé d’un brin d’acide nucléique négatif (le brin est souvent un ARN mais peut être aussi, rarement, un ADN).

-cadre de lecture

une des trois phases possibles de lecture de l'enchaînement des triplets sur un brin d'ADN ou d'ARN.

Un cadre de lecture est dit "ouvert" pour une séquence nucléotidique ne comportant qu'une succession de codons signifiants (hormis le codon stop à son extrémité).

-capside

du grec capsa : la boite

coque protéique rigide protégeant le génome viral.

la capside permet de définir le type de symétrie du virus : hélicoïdale, icosaédrale (ou cubique), mixte (les phages avec une queue) ou complexe (Poxvirus).

-capsomère

unité morphologique de la capside, visible au microscope électronique, constituée par l'assemblage de sous-unités protéiques identiques ou différentes.

cellule en lignée continue

cellule devenue capable de croître indéfiniment (cellule "immortalisée").

Ainsi, les cellules Hela ont été isolées en 1951 d'une patiente atteinte d'un carcinome du col de l'utérus (Elle s'appelait Helen Lane).

Les cellules en lignée continue sont utilisées pour la multiplication des virus.

-cis-acting

élément génétique affectant l’activité d’une région contiguë (c’est à dire sur la même molécule d’acide nucléique). Promoteurs de transcription et " enhancers " sont des séquences " cis-acting " adjacentes aux gènes dont ils contrôlent la transcription.

-coiffe

motif de 7-méthyl-guanine, rattaché au premier nucléotide des ARN messagers viraux de l'hôte et des ARN-m viraux par une liaison inhabituelle 5'- 5'.

-décapsidation

terme définissant les événements qui surviennent après la pénétration du virion dans la cellule-hôte : la capside est partiellement ou totalement décomposée et le génome se trouve en contact avec le cytoplasme sous la forme d’un complexe nucléo-protéique.

-éclipse

période du cycle de multiplication d’un virus au cours de laquelle aucune particule virale complète n’est visible : la phase d’éclipse commence à la décapsidation et se termine à la phase d’assemblage. La période d'éclipse correspond aux synthèses des constituants du virus : réplication du génome et synthèse des protéines virales.

-enhancers

éléments génétiques agissant en cis (cis-acting elements) qui activent la transcription des gènes ou la traduction des ARN-m.

-enveloppe

membrane cellulaire remaniée acquise par les virus "enveloppés" au moment de la phase de libération.

-épissage différentiel

correspond à l'existence de plusieurs schémas d'épissage d'un transcrit primaire d'ARN, aboutissant à la formation de différents ARN-messagers et pouvant donner lieu à la synthèse de plusieurs protéines différentes.

-eucaryote

organisme dont le matériel génétique – des paires de chromosomes identiques (donc diploïde : 2 n) – est isolé du cytoplasme par une membrane nucléaire.

-forme réplicative (FR)

intermédiaire nucléique à deux brins d'ARN permettant la réplication du génome viral.

-gènes chevauchants

Une même séquence génétique peut être lue dans 2 ou 3 cadres de lecture différents, doublant ou triplant les capacités de codage.

-Les Papovavirus, le virus de l'hépatite B utilisent cette stratégie économique.

gènes précoces

gènes transcrits et traduits dès la pénétration du virus

gènes tardifs

gènes viraux s'exprimant après le déclenchement de la réplication du génome viral

-hémagglutination

agglutination des globules rouges par des protéines virales (d'enveloppe ou de capside).

-hétéroduplex

appariement de chaînes nucléotidiques complémentaires, de nature différente (hétéroduplex ADN/ARN) ou d'origine différente.

-icosaèdre

(eikosi = 20)

solide à vingt faces planes.

l'icosaèdre régulier a pour faces vingt triangles équilatéraux égaux.

-infection abortive

infection virale au cours de laquelle le cycle de multiplication s'arrête prématurément sans qu'il y ait production de nouveaux virions.

-infection productive

infection virale "complète" à l'issue de laquelle des nouveaux virions apparaissent.

intégration

insertion d'une séquence exogène dans l'ADN génomique d'une cellule-hôte. Cette intégration est catalysée par une endonucléase nommée intégrase chez les rétrovirus. Le génome viral intégré sous forme d'ADN est appelé le provirus.

-IRES

(internal ribosome entry site)

région du génome des virus à ARN + qui permet l'association des sous-unités ribosomiques et la traduction du génome viral.

-kb

(kilobase =1000 nucléotides)

unité de mesure des acides nucléiques monocaténaires.

-kbp

(kilobase pairs = 1000 paires de nucléotides)

unité de mesure des acides nucléiques bicaténaires.

-lysogénie

possibilité pour un phage de se maintenir sous une forme intégrée (prophage) dans l'appareil nucléaire d'une bactérie sans entraîner de lyse bactérienne.

l'induction du prophage entraîne sa séparation du génome bactérien et son entrée dans un cycle de multiplication.

-maturation

phase tardive du cycle au cours de laquelle sont observés des changements de structure de la particule virale liés à la protéolyse de certaines protéines de capside par une protéase virale.

La maturation est indispensable pour que la particule virale soit infectieuse.



-monocistronique

ARN messager (ARN-m) transcrit d’un seul gène (un cistron = un gène) et codant, par conséquent, un seul polypeptide.

se dit aussi d’un génome viral produisant de tels ARN-m

montage (splicing)

modification de l’ARN transcrit dans le noyau de la cellule eucaryote : les introns sont éliminés tandis que les exons sont collés bout à bout, l’ensemble constituant l’ARN messager qui se rend dans le cytoplasme où il sera traduit par les ribosomes.

les introns restent à l’intérieur – les exons sont exportés

négatif

brin d'acide nucléique dont la séquence est complémentaire du brin codant.

virus dont le génome est un brin négatif.

-nucléocapside

structure résultant de l'association des protéines de capside avec le génome viral.

La nucléocapside représente le virion dans le cas des virus nus.

-oncogène

gène codant une protéine capable d’induire la transformation cellulaire.

Un oncogène peut être d’origine cellulaire (gène c-onc) ou d’origine virale (v-onc).

-ORF

(open reading frame= séquence à cadre de lecture ouvert)

séquence nucléotidique encadrée par un codon d’initiation AUG en 5’ et par un des trois codons stop en 3’. Une telle séquence est donc susceptible de coder un polypeptide qui peut ne pas avoir encore été identifié.